El chocolate debe conservarse en un lugar fresco y seco. Entendemos por un lugar fresco y seco aquel que tiene temperaturas entre 12 y 20ºC y humedades inferiores al 70%. A partir de 24-25ºC, el chocolate sufre un proceso llamado "fat bloom", que hace que aparezcan manchas blanquecinas en la superfície. Esto se debe a que la manteca de cacao se funde por el exceso de temperatura y posteriormente, cuando baja la temperatura, se vuelve a solidificar. Aunque este proceso no representa ningún riesgo a nivel sanitario, el aspecto del chocolate no es el correcto.
El chocolate también debe mantenerse lejos de productos de fuerte olor (pescado, quesos...). El chocolate es muy higroscópico y captará los olores que le envuelven.
También debe mantenerse lejos de productos de riesgo, como harinas o frutos secos. Productos que acostumbran a sufrir insectaciones, y el chocolate fresco es muy atractivo para los insectos. En verano, en caso de no poder mantener estas condiciones ambientales, es preferible mantener el chocolate en la nevera o en una cámara fria, preferiblemente en alguna caja, para protegerla del exceso de humedad. Hay que tener en cuenta que los aires acondicionados solo garantizan buenas condiciones climáticas mientras estan en marcha, cosa que no pasa ni durante la noche ni en los fines de semana. Por esto, antes de tener un chocolate con "fat bloom", es preferible tener un chocolate poco brillante, que es lo que le ocurrirá si el chocolate se conserva en una nevera.